Хуан Ли всегда жил в достатке и не знал горя, но всё изменилось, когда на его дом напали, а отца убили. Всё, что осталось от былого величия – это семейная реликвия, а именно особый древний меч. Эта вещь поможет его семье удержать власть во всём Либерти-Сити, как это было ранее, но сам Хуан ничего не сможет сделать, ему нужна помощь дяди Кенни. Вы отправитесь на поиски своего родственника, но в ходе миссии попадёте в засаду и лишь после этого, сможете начать свою основную миссию в игре.
Оставаясь умирать на асфальте после ограбления, Хуан пообещал себе, что никогда не простит тем, кто покусился на его семью, и отомстит. В GTA: Chinatown Wars поддерживается синхронизация с геймпадом через разнообразные системы, в том числе и через провод. Это позволит ещё сильнее проникнутся самой игрой и её атмосферой.
Главный герой во многом напоминает Карла Джонсона из Grand Theft Auto: San Andreas. Помимо основного сюжета, вы сможете также выполнять дополнительные задания и получать особые бонусы. Также в игре есть ежедневные миссии, как в GTA: Liberty City Stories, в которых вы будете не только повышать свои навыки, но и получать оружие, деньги и прочие важные вещи.