Последние событие, которые мы увидели в FINAL FANTASY V оказались не на столько успешны. Мир всё же канул в бездну отчаяния и теперь он наполнен только злобой и агрессией. К тому же вся та магия, которая поддерживала гармонию через четыре кристалла исчезла. Нет больше ни сказочных монстров, ни волшебных лесов с вечными деревьями, ни добродушных магов и великолепных волшебниц.
В тоже время человечество не опустило руки и с помощь пороха, железа, грязи и собственных сил смогло воссоздать старые цивилизации. Даже если вы ранее не проходили предыдущие части и совершенно не знакомы с данной вселенной, так как здесь всё подробно объясняется и сюжет строится на других китах, нежели в том же FINAL FANTASY DIMENSIONS.
Хоть в мире, по мнению людей, и нет магии, на самом деле она всё же прячется. Нашла приют волшебная сила в теле Терры, молодой принцессы, которую против воли держат в огромной крепости. Однажды в её окно забрался незваный гость, парень по имени Локк, который и похитил её. Именно этот простой мальчишка поможет миру, который забыл о магии, вернутся к своим корням.